嘉南药理科技大学目前台湾设有药学系的7所大专院校之一，也因为药学系之便，嘉药成为少数台湾私立科大中，能够吸引分数在大学升学考试属中高程度的普通高中生以及成绩在前5%的高职生就读的学校。

为培养从事医药、卫生、保健、永续环境等健康科学专业人才，该校于民国五十三年由创办人王趁先生结合医药界与教育界先进筹创“私立嘉南药学专科学校”。民国五十五年奉教育部核准立案。民国八十五年七月因办学绩效卓越，获准升格改制为“嘉南药理学院”，民国八十九年八月又因各项条件俱优，复获准改名“嘉南药理科技大学”。

近年来接受教育部评鉴均有极优异之表现，2009－2012年度连续获得教育部技职校院奖励大学教学卓越计划补助。2011年1月公布之“世界大学网络排名”，该校名列全球第848名医学教育|网搜集整理，全国科技大学排名第6名。而在2010年12月“机构典藏”的世界排名中，该校名列亚洲第76名，其中“学术论文”指标更居全国科技大学之冠。