蚌埠医学院药学专业是学院实施现代高等教育“以针对性、质量观和国际化为指导，对不断变革的世界作出响应”的核心理念于2000年创办的药学本科教育专业，2001年成为硕士学位授权单位，2009年晋升为安徽省特色专业，为安徽省药学博士后流动站。

专业全面实施科教兴国战略医学|教育网搜集整理，深入贯彻党的教育和卫生工作方针，紧密结合卫生改革与发展的实际，为满足人民群众对卫生服务的需要而着力培养医药科技发展的急需人才，专业自开办以来已向社会成功输送药学本科毕业学生千余名，研究生50余名，连续7届实现100%毕业就业率。本专业各类毕业生在药学领域大多已成为业务骨干，其中硕士毕业生中已有近10人获得博士学位，分别在美国、澳大利亚、香港及国内高校及医药企业中从事科研教学工作。药学专业已发展成为集学、产、研为一体的综合型药学人才培养基地。