中国医科大学药学院在原药学系基础上于2005年12月正式更名为药学院，在党和政府的重视和关怀下，在中国医科大学党政领导下，药学院得到迅速发展。药学学科1940年创建于延安，其中药理学科于1978年获首批硕士学位授权学科，于1993年获东北三省第一个博士学位授权学科。学院现有辽宁省重点学科1个——药理学，二级博士学位授权学科1个——药理学，一级硕士学位授权学科1个——药学，类别或领域专业学位硕士学位授权点1个——药学，一级学科博士后科研流动站1个——药学；下设药物化学、药用植物化学、药剂学、生药学、药物分析学、微生物与生化药学、药理学、临床药理学、药物毒理学等9个专业教研室，天然药物、合成药物与仿生药物、神经与内分泌药理、离子通道药理等4个研究室，在三个附属综合性医院还设有3个临床药学教研室，另外还设有1个省级实验教学示范中心-药学实践教学中心、1个综合办公室、1个学生工作办公室。有二级学科博士学位授权点1个，硕士学位授权点2个，其中药理学科为省级重点学科。