南京医科大学药学院通过向国内外引进高层次学科带头人和学术骨干，并整合南京医科大学原有的师资力量，目前已形成一支学历层次高、教学经验丰富、科研能力强的师资队伍。学院现有教职员工65人，其中教师46人，实验室技术人员12人，专职行政管理人员7人。教师中正副教授24人，博导7人、硕导17人，另有兼职正副教授12人。

学院现设有4个学系：化学系、药理学与药物化学系、药物分析与药剂学系以及临床药学系；一个江苏省药学实验教学示范中心；6个研究中心，分别为：江苏省基因药物技术中心、医学|教育网搜集整理应用药物研究所、药物分析测试中心、脑血管病研究室、天然药物研究所、干细胞与神经再生研究所。涵盖了化学、药物化学、药物制剂学、药物分析学、药理学、临床药学、天然药物学等学科，其中药理学科为国家重点学科，药学一级学科为省级重点学科，药物化学和药物分析学为校重点学科。学院设立了药学一级学科博士后科研流动站，具有药学一级学科博士学位和硕士学位授权资格。