江西省中医药学会的前身是神州医药会江西分会，建立于1913年。先后有文霞甫、刘文江、江镜清、姚国美担任会长。1930年更名为南昌神州国医学会。抗日战争时期停止活动。抗战胜利后恢复活动，由江公铁出任会长。解放前夕再度停止活动。1950年11月2日恢复更名为中医药学会，推选江公铁为主席。1962年转为江西省卫生厅领导，定名为江西省中医药学会，医学|教育网搜集整理并于9月22日召开会员大会，江公铁当选为理事长。1966年“文化大革命”开始，学会停止一切活动。1980年1月20日，经江西省科协、江西省卫生厅批准，与中华医学会江西分会等4家学会联合召开恢复成立大会，定名为中华全国中医学会江西分会，选举产生了新的一届理事会，刘英桂为会长。1985年11月8日举行换届选举，杨扶国为会长。1991年，根据国务院《社会团体登记管理条例》的规定，经过调整和整顿，作为法人社团向省民政厅登记后于1992年1月1日更名为江西省中医药学会。1992年6月换届选举，成立了第三届理事会，王鱼门担任会长。2002年12月通过换届选举成立的第四届理事会，由129名理事组成，其中常务理事23名。王鱼门继续担任会长。2009年12月经换届选举成立第五届理事会，曹麒担任会长。