南京中医药大学药学院是国家最早建立的高等中药教育院（系）之一，在国内享有较高的知名度，在国外亦具有一定影响。药学院的前身为中药系，1995年更名为中药学院，2000年更名为药学院，现任院长为吴皓院长。

药学院经过48年的建设和发展，药学教育取得了较大的发展，现为中国自然资源学会药用资源专业委员会、江苏省中医药学会药学分会和江苏省方剂研究重点实验室挂靠单位。设有中药学、药学、药理学和药物化学四个系，内含基础化学、药物分析、药物化学、药理学、中药资源学、中药鉴定学、中药炮制学、药剂学、药事管理学、制药工程学、生物制药学、临床药学等十二个教研室和一个药学（化学）省级实验教学示范中心，同时还设有药物研究所、新药研究开发中心、仪器测试中心及中药标本馆医学|教育网搜集整理。药学院现设有五个本科专业（中药学、药学、制药工程、药物制剂、中药资源与开发）和五个本科专业方向（中药药理学、临床药学、食品与药品检测、生物制药、中药制药），其中中药学学科为国家重点学科，国家教育部一类特色专业建设点，中药制药学学科为国家中医药管理局重点学科，中药炮制学为江苏省精品课程。