皖南医学院药学系成立于2005年9月，前身是临床药学分流专业。她的成立，标志着我校由单一的医科院校向多学科、综合化方向迈出创新而坚实的一步。现改名为皖南医学院药学院。

现有药学、制药工程和药物制剂等三个本科专业，横跨医学、生物、药学三大学科门类。目前教职工44人，其中正高1人，副高5人；博士4人，硕士28人，硕士以上学历的人员占全系教职工的72.7%.在读专科生47人，本科生1209人，研究生3人。近年来，参加国家863计划课题1项，安徽省教育厅自然科学基金3项（其中一项为省级重大项目，一项为省级重点项目），医学教|育网搜集整理芜湖市重大科研项目2项，横向科研课题2项等；在国内外期刊发表论文20余篇，被SCI、EI、ISTP收录5篇。