浙江中医药大学药学系创建于1986年，前身为中医药系。下设中药学专业、药物制剂专业和药学专业、食品科学和工程专业，是目前国内药学专业门类较齐全，中、西药两在领域并蓄，具有本科生、硕士生、博士生等多层次人才培养能力的少数院校之一。现有中药学、药理学硕士点2个，与上海中医药大学联合培养中药专业博士。中药学科为省级重点学科、医学|教育网搜集整理省中医药重点学科，其所属的中药新产品制剂研究室为省级重点实验室，是新世纪全国高等中医药院校规划教材《药理学》、《药用植物学》的主编单位。现有正高级职9人，副高级职称18人，国家食品药品评审专家1名，博士生导师2名，全国著名药理专家2名，省“新世纪151人才工程”重点资助培养人员一人、第一层次二人、第二层次一人，省高校中青年学科带头人3人。设有7个教研室和三个研究室。

近几年来，承担科研课题近65项，其中国家级9项、省部级28项，鉴定课题33项，技术协作或转让18项，2001～2002年科研和新产品开发横向课题等收入350多万元，开发中药产品2个。1996年，本系被国家中医药管理局确定为执业药师培训点。执业药师资格考试前培训连续六年考试通过率在50%以上，位居国内全部培训点之首。