温州医科大学药学院创办于2001年。同年9月开始招收药学专业本科生；2004年招收中药专业本科学生；2008年开始招收制药工程专业本科学生。

拥有药学和中药学一级学科硕士点、中药学专业学位硕士点、二级学科博士点。2003年成立温州医学院基础课（分析测试）实验教学示范中心，并在2007年被评为浙江省实验教学示范中心，2010年药学实验教学中心被评为浙江省实验教学示范中心。2005年建立国家新药开发工程技术研究中心制剂工程研究基地。2006年分别建立基因工程药物国家工程研究中心中试研究基地、教育部生物反应器与药物开发工程研究中心中试实验室、浙江省浙南特色中药重点实验室；承担中国医药质量管理协会GAP工作委员会的工作；2007年成立浙江省生物技术制药工程重点实验室。2008年药理学与生化药学被列为浙江省“重中之重”学科，中药学学科被评为温州市重点学科。医学|教育网搜集整理三年来，荣获国家技术发明二等奖1项、国家科技进步二等奖1项、中华医学科技一等奖1项、中国药学会科技一等奖1项、吴阶平医学研究奖-保罗杨森药学研究奖二等奖1项。