南京中医药大学基础医学院是学校最大的一个教学科研机构，由中医基础学科、现代医学基础学科及部分公共基础学科组成。全院共设10个教学科研单位，其中包括正常人体形态与功能学系、医学|教育网搜集整理人体疾病学与预防医学系、生物与生化学系、中医基础学系、中医方药学系、中医临床基础学系、中医医史文献学系、数理学系8个学系，1个教学实验管理中心和1个中医药文献研究所。另外，还设有医史博物馆和南京中医药大学门诊部。
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