中医系是我院成立最早的一个临床大系，主要承担中西医各科的后期临床教学任务，在编教师52人，其中教授10人，副教授20人，自院系合一、医教结合后，附属医院（浙江省中医院）相应临床科室具有中、高级职称的医编教师亦承担临床教学工作，师资力量更为浓厚，至2002年底医教结合教师已达180多人。

现设有中医内科、西医内科、中医外科、西医外科中医妇科、中医儿科、中医眼科、中医耳鼻喉科、中医骨伤科、中西医结合临床、影像诊断11个教研室及骨伤、儿科、肿瘤3个研究室，教研室正副主任由附院临床科室科主任兼任。

现有中医内科、西医内科、中医妇科、中医儿科、医学|教育网搜集整理中医骨伤科、中医耳鼻喉科、中西医结合临床7个硕士点及1个中医内科博士点，目前共有在读研究生159人，其中博士生23人，2003新招研究生约90人。