北京中医药大学图书馆建于1956年。北京针灸骨伤学院2001年同北京中医药大学合并，北京中医药大学图书馆遂分为东西两区。现馆舍总建筑面积为8600平方米。现任馆长为梁永宣。图书馆下设办公室、流通部、采编部、信息技术部、情报查新室等行政与业务部门。

经过40多年的发展，目前馆藏建设已形成了一个以中医药文献为主、西医文献为辅、兼容其它学科的藏书体系。现有馆藏书刊55万册，其中馆藏中医药图书18万余册，每年新增纸本文献4万余册；中医线装书1600余种，共3350函；其中含珍本、善本100多种及少量孤本，主要以明清两代刻本为主，许多是医学经典藏书。作为全国唯一一所进入“211”工程建设的重点中医药大学图书馆，馆藏具有鲜明的中医药特色，有关中医药、传统文化方面的图书收藏较为齐全，并自主开发了《北京中医药大学图书馆馆藏电子图书》《北京中医药大学研究生论文》等数据库。我馆开发了《中国医学书目数据库》，收集了馆藏1万2千余种正式出版和非正式出版的中医药图书资料医学|教育网搜集整理（包括港、台地区的出版物），是我国收集中医药资料比较全面、检索功能较多、标准化程度较高的数据库。 图书馆建立了计算机局域网并和校园网相联。本馆可向读者提供文献外借、阅览、检索、Internet上网、中医药科研课题检索与查新等服务，同时我馆有40余个数据库供我校师生查讯检索。