沈阳药科大学中药学院始建于1985年，其前身是沈阳药学院中药系。学院现设有天然药化系和中药系。天然药化系下设天然药化教研室、食品药学教研室；中药系下设生药教研室、中药分析鉴定教研室、药用植物教研室。学院还设有学生实验中心、中药标本馆、药用植物园、福立公司共建分析示范实验室。

学院拥有国家中医药管理局中药化学和中药质量控制两个三级实验室，辽宁省中药现代化工程技术研究中心，辽宁省创新药物研究与设计重点实验室，中药资源研究与开发重点实验室，辽宁省天然药物提取分离与工业制备工程技术中心医学|教育网搜集整理。还有沈阳药科大学与日本北海道药科大学共建的中成药分析研究室、沈阳药科大学与韩国东亚大学共建的中韩分子生药学研究室。