《北京中医药大学学报》原名《北京中医学院学报》，创刊于1959年10月，是由教育部主管、北京中医药大学主办的中医药学术刊物。

北京中医药大学学报属中国科技核心期刊医学|教育网搜集整理，中国中文核心期刊，国内6大检索系统10余种检索刊物的主要刊源，中国科学引文数据库首批收录的315种期刊之一，中国科学技术信息所统计和分析用期刊，国家科学技术委员会等联合开发的中国科学技术期刊文摘（CSTA）数据库首批刊源。我刊分别被世界著名检索系统：俄罗斯《文摘杂志》（AJ），美国《化学文摘》（CA）、《国际药学文摘》（IPA）、《剑桥科学文摘》（CSA）、《乌利希国际期刊指南》（Ulrich PD）、《日本科学技术振兴机构中国文献数据库》（JST）列为正式文摘刊源。2001年本刊成为国家新闻出版署推出的首批“中国期刊方阵”期刊。