北京中医药大学研究生院，1999年，学校研究生部被教育部、国务院学位委员会授予 “ 全国与研究生教育管理工作先进集体 ” 荣誉称号。在研究生教育中，学校严把入学质量关，研究生录取严格按国家统一录取标准；对研究生的知识掌握明确提出 “ 一级学科的信息 ” 、 “ 二级学科基本功 ” 和 “ 三级学科专功 ” 的三级要求；强调研究生教育与学科建设紧密结合，重视二级学科培养规范，学位课程设置体现了中医基础与临床、中医药学与现代生命科学紧密结合的趋势。近几年来，在不断加大博士生以及外国留学生在研究生中的招收比例的同时，积极开展在职人员以同等学力申请学位、博士后进站、基础学科优秀研究生提前攻读博士学位等工作。学校在遴选本校博士生导师的同时，还接受校外兼职博士生导师的申请。北京中医药大学的研究生教育经过奠定基础、调整稳定、逐步发展，已经形成具有一定规模的、专业门类比较齐全的中医、中药、中西医结合研究生教育体系。