苏州大学药学教育最早可追溯至原东吴大学1949年创办的药学专修科，1952年全国院系调整并入华东药专。1993年在原苏州医学院药理学学科基础上成立苏州医学院药学系，2000年随苏州医学院并入苏州大学，2005年成立苏州大学药学院。

学院拥有药学一级学科博士学位授权点、药学一级学科博士后流动站、药学一级学科硕士学位授权点、药学硕士和工程硕士（制药工程）专业学位授权点。建有1个省重点实验室医学|教育网搜集整理、1个省药学学科综合训练中心、2个市级重点实验室、2个校级科研机构。药学学科为江苏省高校优势学科建设工程一期项目，药理学与毒理学（Pharmacology & Toxicology）学科2014年5月跻身ESI全球排名前1%.