新疆药学会成立于1960年10月。1963年3月，学会制定了《中国药学会乌鲁木齐分会试行章程》（草案），首批发展会员46人。
“文化大革命”期间停止活动。1978年3月，学会活动恢复，改称为中国药学会新疆分会。学会先后召开过8次会员代表大会，选举产生过8届理事会。新疆药学会实行团体会员制，医学|教育网搜集整理目前有团体会员52个，会员1981人。新疆药学会设立五个工作委员会和五个专业委员会，新疆十三个地州市均成立地州市药学分会，新疆药学会网站创建于1999 年。
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