杭州市第三医院肾病内科设有肾脏病内科病房和血液净化中心。肾脏病内科病房主要从事系统诊治、研究原、继发性肾脏疾病，开展原位肾穿刺病理活检，通过光镜、免疫荧光和电镜检查使肾脏病诊断正确率和治疗效果大大提高。对于肾病综合症、早期肾功能不全采用综合治疗方法，取得了非常好的疗效。血液净化中心主要从事慢性肾炎医学|教育网搜集整理、继发性肾病、糖尿病、高血压肾小动脉硬化症所致的慢性肾功能衰竭（尿毒症）的血液透析和腹膜透析治疗。配备大型水处理设备1台、进口血透机20台，CRRT机1台，包括常规血液透析、血液滤过、血液透析滤过、联机血液透析滤过、CVVH系列、血液灌流、腹膜透析等，利用血液灌流、血液滤过等技术抢救各种药物、毒物中毒具有独特效果，开辟了抢救与治疗急性中毒的新途径。已开展床边持续透析治疗抢救危重病人，对危重症抢救成功产生了重大影响。透析患者最长存活时间已超过14年。中心实行二班制透析，目前在院维持性血透病人80多名，每年血透次数在8000人次以上。救治单器官急性肾功能衰竭救治成功率在95%以上，合并肾衰的多器官衰竭救治成功率也在75%以上，达到国内先进水平。