长海医院药学部是国家重点学科（药理学）、国家卫生部临床药师培训基地、国家中医药局三级实验室、国家药物临床试验机构和全军临床药理基地、全军临床药学中心，也是长海医院的重点建设学科。现有专业技术人员160余人，具有正高级职称4人，副高级职称11人，博士生导师2人，硕士生导师4人。近年来承担了国家、军队、上海市等基金项目总金额累计600余万元，获得国家科技成果三等奖1项、军队科技进步和医疗成果二等奖5项，以及其他军队和省级部级以上成果奖励26项。获国家新药证书2项，获国家专利授权11项。药学部也是第二军医大学基层建设标兵单位和学习贯彻“三个代表”重要思想先进单位，党支部连续11年分别被评为总后勤部、医学|教育网搜集整理第二军医大学和医院的先进党支部，团支部获得全国“五四”红旗团支部荣誉称号。2006年获中国医院协会颁发的“中国医院先声杯药事管理优秀奖”和解放军总后勤颁发的“全军药材工作先进单位”奖牌。