南京中医药大学研究生院研究生教育始于1979年，首批招收20名硕士研究生。1981年被国务院批准为全国首批具有硕士学位、博士学位授权的单位之一，中医内科学成为全国首批博士学位授予专业，另有中医基础理论等八个专业具备硕士学位授予权。

1995年经国家人事部批准，医学教|育网搜集整理本校设立第一个中医学博士后科研流动站。同年9月，招收了我国第一位针灸专业博士后。1997年南京中医药大学与日本国立富山医科药科大学签订了联合培养中药专业研究生协议书，开创了与国外大学联合培养研究生的模式；1998年南京中医药大学研究生院成为全国首批临床医学博士、硕士学位试点单位；2002年获国家首批开展非医学专业本科毕业生攻读中医学硕博连读研究生的试点。