复旦大学药学院创建于1936年，是我国办学历史悠久、学科齐全、师资力量雄厚的著名药学院校之一。创立初期名为国立上海医学院药学专修科，继后分别更名为国立上海医学院药科、国立上海医学院药学院、上海第一医学院药学系、上海医科大学药学院。2000年4月，原上海医科大学与复旦大学合并，遂定名为复旦大学药学院。复旦大学药学院为国家首批博士学位授予单位并在1998年获得药学一级学科博士学位授予权，1999年建立药学一级学科博士后流动站，2002年与生命科学学院联合设立了国家生命科学与技术人才培养基地—生物医药点，2007年药剂学科被遴选为国家重点学科，药理学科被遴选为上海市重点学科。目前是全国高等医学教育学会药学教育研究分会副理事长单位。