泉州医学高等专科学校药学系成立于2006年7月，是泉州市医药行业协会的副会长单位、泉州市药学会的常务理事单位，也是泉州市药学人才的培训基地。现设置生物制药技术、药学、医药营销专业、药品质量检测技术等专业，其中生物制药技术专业为国家骨干高职院校重点建设专业、药学专业为福建省级精品专业、医药营销专业为校级精品专业。
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