南京中医药大学档案馆是全国最早成立的中医院校档案馆之一。其前身为学校综合档案室，2006年3月升格为副处级机构，并更名档案馆，挂靠校长办公室。现为江苏省一级档案馆，曾先后被评为省级机关档案工作先进集体、省高校档案工作先进集体，连续五年被评为省级机关（单位）档案工作年检优秀单位。

档案馆是永久保管学校档案的基地，也是编纂、医学教|育网搜集整理研发和利用档案资源的中心，对全校档案工作统筹规划、宏观指导并业务管辖。校长亲自兼任档案工作委员会主任，并将委员会办公室设在档案馆；三级工作网络覆盖到全校各部门、院系。大力宣传档案工作，增强全校师生员工的法制意识，建立了完备的规章制度。做到档案经费独立预算、专款专用。由10名专职人员（其中2名为副研究馆员）、47名兼职人员组成的档案工作队伍，定期开展业务培训和自查互评，形成了高素质的团队。