第二军医大学长征医院南京分院设有临床科室25个，医技科室15个，开展41个专业，14个实验室，8个诊疗中心：创伤急救中心、脑复苏中心、血液净化中心、听力康复和眩晕治疗中心、肝病中心、整形美容中心、口腔中心、体检中心。 第二军医大学长征医院拥有多排螺旋CT、4800TFCT、数字胃肠机及1000MA大型X光机、血管造影机、C臂机、IDC、CR和DR系统，多台彩色多普勒超声检查仪、30台血透仪、全自动呼吸机、高压氧舱等大型医疗设备。以及经颅多普勒超声诊断仪、脑干诱发电位、各种内窥镜、24小时动态心电、动态血压检测仪、活动平板、多导生理记录仪、各种激光治疗仪、微波治疗仪、血液光量子治疗仪、呼吸睡眠监测系统、骨髓细胞分析系统、前庭功能检查系统、并新增了全自动生化仪、全自动血细胞分析仪、HT荧光酶标仪、微生物鉴定及药敏分析系统、心电监护仪、全自动非接触眼压仪等先进诊疗仪器。