香港大学深圳医院产权归深圳市政府所有，由深港双方共同组建的医院决策和管理团队进行管理。双方在医院管理体制、财政投入机制、人事分配制度、保障公益性、企业化运行、成本管理、服务模式以及提高服务质量和工作效率等领域大胆改革，推动“政事分开、管办分开、医药分开、营利与非营利分开”。

根据深港双方合作协议，香港大学深圳医院将坚持公立医院属性，纳入我市公立医院服务体系，优先满足深圳市民的基本医疗卫生需求，保障医疗卫生服务的公益性。

2013年1月4日，深圳市卫人委在其官网上发布信息，批复了香港大学深圳医院成为香港大学附属医院的申请，同时也同意其增设小儿外科、肿瘤科、麻醉科及开展健康体检服务。

到2015年医院全面投入使用后医学|教育网|搜集整理，能容纳2000张病床，满足日均8000人次的诊疗需求。医院将实行临床诊疗中心为主导的现代医院服务模式，普通门诊与专科门诊分离，实施国际专业水平认证。