黑龙江省中医医院科室设置：

医院医疗部分设内、外、妇、儿、骨、针灸、推拿、口腔、眼科等一级临床科室16个，肾病、心血管病等二级专业分科14个，设医技科室9个，编制床位506张。在医疗科室中，肾病科、心血管科、针灸科和皮肤病科为国家级中医重点专科，除此之外，还有糖尿病科、消化科为省政府重点学科，呼吸科、男性病科等为省中医重点专科医学|教育网|搜集整理。

医院拥有中医内科、中药学、针灸推拿和中西医结合等4个专业的硕士学位授予权，硕士研究生导师33名，博士研究生导师6名，现在院研究生101名。1999年医院被人事部批准为博士后科研工作站。

其中，黑龙江省医院皮肤科、皮肤性病中心是黑龙江省重点学科，是担任全国皮肤病理学组的单位，皮肤科、皮肤性病中心。特色技术有皮肤组织病理、真菌、免疫组化、电镜诊断技术。黑龙江省医院皮肤科、皮肤性病中心现拥有真菌、性病、病理、免疫组化四个现代化实验室，可借助最新的实验技术——电子显微镜、免疫卫生组化和分子生物学方法诊断临床各种疑难、危重病症，擅长抢救各类重危病人如红斑狼疮、皮肌炎、血管炎、天疱疮、剥脱性皮炎银屑病、重症药疹、深部真菌病、淋巴瘤、皮肤及附属器肿瘤，以及其它系统性重危皮肤性病。