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中国药学会（总会）于1907年在日本东京创立医学教育网搜集|整理，1926年11月迁至上海，1930年2月23日在上海成立中华药学会上海分会，是全国各省市药学会中成立最早的分会，1942年改称为“中国药学会上海分会”。1991年根据我国《社会团体登记管理条例》，经上海市民政局审核批准，我会以“上海市药学会”进行法人登记，使学会的正常工作有了法律依据和保障。

81年来学会经历了一条风风雨雨、曲折复杂的道路。这81年的历史，大致可分为建国前19年和建国后61年两个阶段。解放前的19年，由于缺乏条件，处境困难，经费来源没有保证，开展工作面临重重困难，学术活动很少开展。自1949年新中国成立，本会的工作才完全改变面貌。1951年1月召开了会员大会，正式恢复中国药学会上海分会，并选出首届理事会。其后于1953年、1954年、1963年、1979年、1984年、1990年、1995年、2001年、2006、2011年先后召开了会员大会或会员代表大会，成立了二至十届理事会。学会先后由周师洛、张辅忠、汤腾汉、李承祜、高怡生、嵇汝运、何巧娟、白东鲁、侯惠民担任理事长。现任理事长为王龙兴。

随着我国改革开放政策的贯彻，学会无论是在组织建设，还是在开展学术活动和科普活动等方面都充满着生机和活力，出现了欣欣向荣的局面。会员由解放前的100余人增至3500余人，会员分布于大专院校、科研单位、药厂、医院、药品流通领域及有关行政管理部门等430多个单位，团体会员由1985年的9个至2011年底的139个，并建立了16个专业委员会、6个学组和4个工作委员会。