北京中医药大学管理学院机构设置：

管理学院教学机构健全，拥有一座面积1700平方米的教学办公楼医学教|育网搜集整理。公共事业管理教学部、工商管理教学部、专业基础教学部和公共基础教学部；两个实验室：科研实验室和教学实验室。

学院另外设有培训部，主要承担行业主管部门委托的中医药机构管理干部继续教育培训任务，开办各种层次的中医药管理干部在职的专业学历教育与非学历教育，并接受中医药企、事业单位委托的各项培训工作。

学院已经成立和正在筹建的研究机构包括：卫生经济研究所（中医医疗机构成本测算中心、中医药统计中心）、医院管理研究所、药事企业管理研究所（药事管理与咨询中心、企业诊断中心）、心理学研究所、东方管理研究所。

全院已实现计算机联网，实现了科研、教学、办公的网络化管理。