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中山大学药学院是原中山大学和中山医科大学两校合并后于2002年6月成立的第一个新学院。学院以中山大学生命科学学院药学系为基础，整合了中山大学生命科学学院、中山大学化学与化学工程学院以及中山大学中山医学院有关药学科学研究的资源，以中山大学的综合力量为依托组建而成。

药学院自成立以来，坚持以高标准、高起点要求自身医学教育网|搜集整理。著名中国科学院院士陈新滋教授担任药学院名誉院长，他对未来的定位提出了明确的目标：“用五到十年的时间，成为中国一流的药学院”。为实现这一目标，学院一直致力于学科建设，积极引进各类教学和科研人才，加强各种硬件建设，不断完善各种规章制度，充分调动教职员工积极性，努力营造学院文化。如今，药学院已逐步成为广东省和全国的药物（新药）研究、开发与评价中心及药学人才培养基地。