黑龙江中医药科学院：

截至2014年6月，黑龙江中医药大学下设中医药研究院，有五个研究所和四个研究室组成医学教育网|搜集整理，有省部共建教育部重点实验室1个，国家中医药管理局重点研究室3个，国家中医药管理局三级实验室10个，省重点实验室3个，省普通高等学校重点实验室4个，黑龙江省校企合作工程技术中心2个，科技部中医药国际科技合作基地1个，黑龙江省中医药国际科技合作基地1个，黑龙江省科技创新平台1个，1个中医临床实践技能实训中心。

中医药研究院：中医基本理论研究所、中医工程研究所、神经科学研究所、中药药性理论研究所、针灸研究所、中药药效物质研究室、中药质量分析研究室、中药现代给药系统研究室、细胞生物学研究室。