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厦门市药学会成立于1963年，原称中国药学会厦门分会。主要发起人有王永明、邱文庆、陈思渠、刘英、彦青禧、廖在根、胡炯祥等。成立时会员40多人。文革期间停止活动。

1979年10月31日，厦门市药学会恢复正常活动，在厦门武装部会场成立第一届理事会，共有理事23人，挂靠在厦门市卫生局。本届老会员登记21人，发展会员79人，共有会员100人。

1982年8月1日，医学|教育网搜集整理在思明医院召开第二届会员代表大会暨1981年学术年会，会议选出新一届理事会，共有理事19人。会议收到论文36篇，选出10篇论文在大会中交流。本届发展会员19人，共有会员119人。