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中华中医药学会肛肠分会成立前身是在六十年代初，卫生部召集中国中医研究院及全国20余家中医院校的中医肛肠专家和一部分西医肛肠专家在中医研究院召开了中医治疗痔瘘成果座谈会，通过评定，充分肯定了中医治疗痔瘘疗法的临床疗效。会上成立了全国中西医结合防治肛肠疾病协作组，本次会议上成立的全国中西医结合防治肛肠疾病协作组就是全国肛肠分会的前身。

1975年，由中国中医研究院广安门医院主持在河北省衡水地区召开了第一次全国中西医结合防治肛肠疾病协作组会议。会议确定每三年召开一次全国中医肛肠学术会议。专题研讨会每年一次。迄今为止已召开12次全国中医肛肠学术会议医学|教育网整理。每次会议代表均达400-500余人，论文500-600余篇。参会人员有中医、中西医结合和部分西医肛肠专家，以及各地区肛肠医师、科教人员和基础医学研究者。由于每次全国大会均集中了肛肠学科的学术精英，所以每次会议出版的论文汇编均显示出了相当高的学术水平，会上学术研讨的气氛也非常活跃，对我国肛肠学研究起到了极大的促进作用。1977年，在南京召开了第二次全国中医肛肠学术会议。出席会议的有来自全国各中医单位的200余名代表。