上海交通大学医学院附属仁济医院科室划分：

医院共设临床科室33个，临床医技科室8个，并有国家教育部重点学科、医学教育网搜集|整理卫生部重点实验室1个（消化内科）、国家教育部重点学科组成单位1个（内科学）；国家教育部重点学科培育学科组成单位1个（神经外科学）；十五“211工程”重点学科（专业）3个（消化内科学、风湿病学、外科学）；上海市重点学科2个（消化疾病学、风湿病学）；上海市教委重点学科2个（风湿病学、妇产科学）；上海市临床医学中心2个（消化疾病、风湿疾病）；上海市医疗质控中心3个（血透、消化内科、激光）；市级研究所3个（消化疾病、风湿疾病、男性疾病）；上海市唯一的人类精子库、上海真美妇科疾病研究所、上海市危重孕产妇会诊抢救中心。该院有国家级副主任委员5名；上海市主任委员4名、副主任委员10名；国家级刊物主编1名、副主编9名；地方刊物主编4名、副主编20名。