北京大学医学部科研平台：

国家重点实验室：天然药物及仿生药物国家重点实验室。

国家工程实验室：口腔数字化医疗技术和材料国家工程实验室。

教育部重点实验室：分子心血管学教育部重点实验室、医学教育网搜集|整理神经科学教育部重点实验室、恶性肿瘤发病机制及转化研究教育部重点实验室、视觉损伤与修复教育部重点实验室、慢性肾脏病防治教育部重点实验室、辅助生殖教育部重点实验室。

教育部工程研究中心：再生医学教育部工程研究中心。

卫生部重点实验室：卫生部精神卫生学重点实验室、卫生部神经科学重点实验室、卫生部肾脏疾病重点实验室、卫生部医学免疫重点实验室、卫生部心血管分子生物学与调节肽重点实验室、卫生部生育健康重点实验室。

卫生部工程研究中心：卫生部口腔医学计算机应用工程技术研究中心。

北京市重点实验室：皮肤病分子诊断北京市重点实验室、造血干细胞移植治疗血液病研究北京市重点实验室、丙型肝炎和肝病免疫治疗北京市重点实验室、脊柱疾病研究北京市重点实验室、生殖内分泌与辅助生殖技术北京市重点实验室、磁共振成像设备与技术北京市重点实验室、恶性肿瘤转化研究北京市重点实验室、食品安全毒理学研究与评价北京市重点实验室、蛋白质修饰与细胞功能北京市重点实验室、儿科遗传性疾病分子诊断与研究北京市重点实验室、肝硬化肝癌外科基础研究北京市重点实验室、骨与软组织肿瘤诊治研究北京市重点实验室、痴呆诊治转化医学研究北京市重点实验室等。