北京协和医学院学术期刊：

《中国医学科学院学报》：美国生物医学文献联机数据库（Medical Literature Analysis and Retrieval System， MEDLARS/PubMed）及其《医学索引》（Index Medicus， IM）、荷兰医学文摘数据库 （EMBASE）、美国化学文摘数据库及其《化学文摘》（Chemical Abstracts，CA）、世界卫生组织《医学増补文摘》光盘数据库（ExtraMED）、俄罗斯《文摘杂志》（Рефсратнвньй Журнал， РЖ/AJ）及波兰《哥百尼索引》（Index Copernicus，IC）收录期刊。

《中国医药导报》：中国科技论文统计源期刊（中国科技核心期刊）、中国学术期刊综合评价数据库统计源期刊、中国科技论文与引文数据库收录期刊、中国生物医学文献检索分析数据库收录期刊、解放军医学图书馆中文生物医学期刊文献数据库收录期刊，是卫生部和国家食品药品监督管理局核准的允许发布处方药的医学、药学专业刊物。

《中国循环》：中文核心期刊、ST 日本科学技术振兴机构数据库（日）中国科学引文数据库（CSCD—2008）收录期刊。

《中华血液学》：《CA》、《Index Medicus/Medline》、《Biological Abstracts》、《Medline Exp-ress》、《CBMdisc》收录期刊。

《协和医学》、《中国分子心脏病学》、《国际皮肤性病学》、医学教育网搜集|整理《国际生物医学工程》、《国外医学情报》、《医学研究》、《中国骨与关节外科》、《癌症进展》、《Chinese Medical Sciences Journal》、《Chinese Journal of Integrative Medicine》、《中国卫生政策研究》、《中华骨质疏松和骨矿盐疾病》、《中华临床免疫和变态反应》等数十种。