医学教育网整理了温州医学院科研机构如下：

截至2014年2月，学校拥有国家工程技术研究中心1个，省部共建国家重点实验室培育基地1个，省部级及以上重点实验室（研究中心）11个，其中包括省部共建教育部重点实验室1个、省部共建教育部工程研究中心1个、卫生部研究中心1个、卫生部重点实验室1个、浙江省重点实验室7个。

国家工程技术研究中心：国家眼视光工程技术研究中心；

省部共建教育部工程研究中心：现代眼视光技术和装备教育部工程研究中心；

卫生部研究中心：卫生部视光学研究中心；

国家重点实验室培育基地：医学教育网搜集|整理眼视光学和视觉科学；

浙江省重点实验室：

浙江省眼视光学重点研究实验室；

浙江省医学遗传学重点实验室；

浙江省眼视光学重点研究实验室；

浙江省生物技术制药工程重点实验室；

浙江省模式生物技术与应用重点实验室；

浙江省麻醉学重点实验室；

浙江省神经老化与疾病研究重点实验室；

省部共建教育部重点实验室：检验医学；

卫生部重点实验室：卫生部视觉科学研究重点实验室；

协同创新中心；

浙江省“2011协同创新中心”：眼视光行业产业协同创新中心。