医学教育网整理了济宁医学院院系专业如下：

截至2013年6月，学校有临床学院、基础学院、公共卫生学院、精神卫生学院、护理学院、医学信息工程学院、药学院、医学教育网搜集|整理管理学院、法医学与医学检验学院、口腔医学系、医学影像系、生物科学系、社会科学部、外国语教学部、继续教育学院15个教学院系部，开设临床医学、临床医学（精神病与精神卫生方向）、中西医临床医学、康复治疗学、法医学、预防医学、食品质量与安全、护理学、医学检验、口腔医学、医学影像学、应用心理学、生物技术、生物工程、药学、中药学、药物制剂、计算机科学与技术、信息管理与信息系统、生物医学工程、医学信息工程、软件外包、物联网工程、软件开发（与惠普共建）、软件测试（与惠普共建）、市场营销、公共事业管理、劳动与社会保障、英语等35个本科专业和专业方向。