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学校始建于1954年，初名黑龙江省中医进修学校，后几易其名，1959年定名为黑龙江中医学院，1996年经国家教育部批准更名为黑龙江中医药大学。经半个多世纪的建设与发展，学校已成为具有较高教学、科研、医疗水平，在国内外有一定影响的高等中医药院校，现为黑龙江省重点建设的高水平大学。学校于2004年全国首批获得教育部本科教学工作水平评估优秀结论医|学教育网收集整理，2007年全国首家通过教育部本科中医学专业认证单位，2008年被确定为国家中医临床研究基地建设单位，2009年晋升全国精神文明建设工作先进单位。

2004年，在中国青年报发表的中国487所普通高校综合竞争力评价分类报告中，学校总排序列13位，在68所医药院校类排序中列第5位，在全国高等中医药院校排序中列第2位，学校已经成为国内外享有较高知名度的高等中医药学府。

学校不断强化学生创新能力和实践能力的培养。大学生社会实践活动连续十几年受到中宣部、教育部、团中央联合表彰。建校以来，为国家培养近三万名中医药人才，大批毕业生已经成为国内外各级各类医疗机构、科研院所、医药院校、政府机构和著名企事业单位的中坚骨干。