在一些营养丰富的水体中，有些蓝藻常于夏季大量繁殖，并在水面形成一层蓝绿色而有腥臭味的浮沫，称为“水华”，大规模的蓝藻爆发，被称为“绿潮”（和海洋发生的赤潮对应）。绿潮引起水质恶化医|学教育网搜集整理，严重时耗尽水中氧气而造成鱼类的死亡。

在中国，太湖的蓝藻爆发污染是蓝藻危害的一个具体体现，最严重的危机出现在2007年。当年6月，太湖蓝藻大爆发，几十厘米厚的蓝藻覆盖所有水面。据无锡市政府公布的统计数据，除无锡水厂外，其余占全市供水70%的水厂水质都被污染，水龙头里放出的水又黄又臭，200万无锡市民生活饮用水受污染，市区纯净水被哄抢，政府虽及时采取措施，但已经对人民的生活产生很大的影响。其后，尽管国家下了大力气治理太湖污染，蓝藻依然每年爆发。