药物化学中的杂环化合物命名比较复杂，简单总结如下：

杂环化合物是具有环状结构的一类化合物。构成环的原子除碳原子外，还至少含有一个杂原子。杂原子包括氧、硫、氮等。从理论上讲，可以把杂环化合物看成是苯的衍生物，即苯环中的一个或几个CH被杂原子取代而生成的化合物。杂环化合物可以与苯环并联成稠环杂环化合物。

最常见的杂环化合物是五元和六元杂环及苯并杂环化合物等。

五元杂环化合物有：呋喃、噻吩、吡咯、噻唑、咪唑、唑等。

六元杂环化合物有：吡啶、吡嗪、嘧啶等。

稠环杂环化合物有：吲哚、喹啉、蝶啶、吖啶等。

杂环化合物中，最小的杂环为三元环，最常见的是五医学|教育网搜集整理、六元环，其次是七元环。

杂环化合物常以俗名命名，较少用系统命名。系统命名是指以相应的碳环为母体而命名。例如，含两个不饱和键的环戊二烯称为茂，与之相应的一种杂环化合物，例如吡咯，可以看成是由NH取代了茂中的CH2而成 ，称为氮（杂）茂。依此类推，吡啶称为氮（杂）苯，喹啉称为氮（杂）萘等，但一般仍习惯于用俗名命名。

杂环化合物的中文名称是以口字旁标明其为杂环，另半部分表明杂原子的种类。

例如，以呋、噻分别表示为含氧、硫的杂环；以咯、唑、嗪、啶、啉表示为含氮的杂环，这些字是根据英文字的尾音创造的，其中咯、唑表示为五元含氮杂环，其余的指六元含氮杂环。杂原子超过一个者分别以二、三等字表示相同杂原子的数目，例如二唑，表示该杂环化合物为含有一个氧和两个氮杂原子的五元杂环。

在环中不同的原子可有不同的排列方式，命名时各原子的位置编号遵循下列原则：

①只含一个杂原子或一个以上相同杂原子的杂环，杂原子编最小号。

②含两个不同杂原子时，不同杂原子的编号顺序为氧、硫、氮，例如 1，2，3-二唑，氧在第一位，两个氮原子分别在第二和第三位 ，其余为碳原子的五元杂环化合物。