浙江医药高等专科学校药学系始建于2001年。

药学系下设有药物化学、药物制剂、药学和医药基础4个教研室，开设药物制剂技术和化学制药技术（药物合成技术）2个专业，其中《药物制剂技术专业》为学校拳头专业，2001年5月被浙江省教育厅批准为省重点建设专业。

药学系主要承担《药剂学》、《药物化学》、《药理学》、《医药基础》、《药学英语》《制剂设备》《药物商品学》、《医学基础》、《化工原理》等20余门专业与专业基础课程。

药学系拥有一支专业知识扎实，梯队结构合理的师资队伍医学教育网编辑整|理，积累了丰富的办学经验。目前全系共有教职员工35人，其中专兼职教师13人。教师中具有高级职称的教师有9人，硕士研究生达70%以上。现有在校全日制学生2013名，其中药物制剂技术专业学生1381人，化学制药技术（药物合成技术）专业632人。

药物制剂技术专业学生具备药物制剂、设备维护、质量控制等专业理论知识和实践技能，毕业后能从事药物制剂生产、质量控制、技术改造、生产管理、药品经营等高级技术应用性工作。该专业历届毕业生素质高、成绩好、能力强，深受全省各医药工商企业的欢迎和好评。

产所必需的合成药品制备、设备维护等专业理论知识和实践技能，毕业后能从事药物化学、化学制药生产、经营和管理、新工艺和新设备开发等工作。随着我国加入WTO，药物合成技术专业的毕业生也逐渐受到医药工业企业的重视和欢迎。