本病起病隐匿，多见于青年，女性发病率多于男性。早期常无症状或症状轻微，从有症状到确诊一般需1～3年。

1.腹泻

多为间歇性发作，软便或稀便，粪便为黏液或脓液。如有肛门或直肠病变可出现排便困难、里急后重感。

2.腹痛

右下腹或脐周腹痛反复发作，可伴恶心、呕吐、腹部肿块。

3.发热

为常见症状，出现低热或中等度热。

4.营养不良

可有明显的消瘦或体重减轻。

5.肛门和直肠周围病变

肛门周围及直肠周围出现脓肿、窦道和肛瘘，甚至形成直肠脓肿等。

6.胃肠道外表现

可伴发多发性关节炎、角膜炎、结膜炎、角膜溃疡、皮肤和口眼干燥等。

7.全身症状

出现贫血、消瘦、乏力、体重下降、发育迟缓等全身症状。