黄柏抗菌有效成分为小檗碱，故其药理作用与黄连大体相似，但含量较黄连低。体外试验对金黄色葡萄球菌、肺炎球菌、白喉杆菌、草绿色链球菌、痢疾杆菌（宋内氏除外）、溶血性链球菌、脑膜炎球菌、霍乱弧菌、炭疽杆菌均有效或有较强的抑制作用；对枯草杆菌、百日咳杆菌、破伤风杆菌亦有抑制作用；对H37Rv、鸟型结核杆菌无直接抑制作用，但可使菌数减少，但浓度达1%时呈现抑菌作用。在用豚鼠接种人型结核菌（H37Rv）作实验治疗时，口服或注射的疗效均很差。对接种牛型结核菌的豚鼠，黄柏提取物的盐酸结晶物肌肉注射时，医|学教育网搜集整理有一定疗效。黄柏对结核病人的临床症状及X线检查有好转，且优于黄连。在试管中，黄柏煎剂或浸剂对常见的致病性真菌有不同程度的抑菌作用。其水煎剂不能杀死钩端螺旋体（剂量需较黄连大I倍）。在体外对阴道滴虫也有弱的作用。据报道，黄柏酸碱法提取物制成1：1黄柏液，用灌肠法可治疗菌痢，一般2-4天可痊愈。黄柏理疗液用直流电导入治疗慢性前列腺炎，总有效率达97.3%.