小檗碱对急、慢性炎症均有抑制作用。黄连其他成分如药根碱及黄连碱也有显著的抗炎作用。小檗碱抗炎作用与其抑制炎症过程的某些环节有关。小檗碱能明显抑制趋化因子ZAP诱导的中性粒细胞趋化作用，医学|教育网搜集整理抑制酵母多糖诱导的多形核白细胞化学发光反应，对白细胞系产生的羟自由基及过氧化氢导致的化学发光亦有显著的抑制作用；静脉滴注小檗碱可明显降低大鼠炎症组织中前列腺素E2的含量。小檗碱还能明显降低中性粒细胞中磷脂酶A2的活性，减少炎性介质的生成。

　　黄连注射液对白细胞致热原（LP）所致家兔发热有明显解热作用，并能降低脑脊液中cAMP含量，说明黄连可通过抑制中枢发热介质的生成或释放产生解热作用。