牙菌斑生物膜的生态学牙菌斑细菌之间以及与宿主之间的相互作用称牙菌斑生态系。

　　龈上菌斑直接暴露于口腔，易受口内食物的机械作用及咀嚼摩擦作用的影响，还易受唾液冲洗和唾液中含SIgA、乳铁质、溶菌酶和过氧化酶等宿主防御成分的影响，食物的硬度也影响龈上菌斑的形成，软的食物特别是碳水化合物有利于菌斑的堆积。

　　龈下菌斑藏匿在龈沟或牙周袋内，其生长主要受物理解剖空间的限制和宿主先医学`教育网搜集整理天性防御系统的制约，比较薄。机体防御机制之所以不能限制龈下菌斑的形成和扩展，主要原因在于龈下医学`教育网搜集整理菌斑实际上也是一种细菌生物膜结构，不同细菌间有共聚或黏附倾向，以生态群体方式协同地生长繁殖，故能长期生存，难以控制。龈下菌斑的常见特点为G-杆菌和球菌在釉质或根面形成一条紧密的附着带，而在邻近袋内壁上皮则为一条G-菌和（或）活动菌的带。

　　细菌培养、免疫学或DNA探针等研究证明龈下菌斑样本中某些菌种经常同时存在。1999年Socransky等观察到龈下细菌的聚集有一定规律，按它们的聚集特性以及与牙周状况的关系，分为6种主要微生物复合体，分别以红、橙、黄、绿、紫、蓝表示：①第一复合体（称红色复合体），为与牙周炎紧密相关的菌群，包括：福赛坦菌（原名为福赛拟杆菌），牙龈卟啉单胞菌、齿垢密螺旋体；②第二复合体（称橙色复合体），为与牙周炎紧密相关的核心群，包括：具核梭杆菌的牙周亚种、中间普氏菌、变黑普氏菌和微小消化链球菌等；③第三复合体（称黄色复合体）：由血链球菌、口腔链球菌、轻链球菌、格登链球菌及中间链球菌等组成；④第四复合体（称绿色复合体）：包括：3种二氧化碳嗜纤维菌、简明弯曲菌、侵蚀艾肯菌、伴放线放线杆菌；⑤第五复合体（称紫色复合体）：由小韦荣菌和溶齿放线菌构成；⑥第六复合体（称蓝色复合体）：由放线菌构成。