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五行学说应用于病理方面,主要在于阐释五脏病变的相互影响和相互传变。主要表现为如下方面:一是相生关系的传变,包括“母病及子”和“子病及母”两方面。二是相克关系的传变,包括“相乘”传变和“相侮”传变两方面。并根据相生传与相克传,以推断病情的轻浅或深重。故说:“邪挟生气而来,则虽进而易退”;“受我之气者,其力方旺,还而相克,来势必甚。”“所不胜,克我者也,脏气本已相制,而邪气挟其力而来,残削必甚,故为贼邪”;“所胜,我所克也。脏气既受制于我,则邪气亦不能深入,故为微邪。”
此外,五行学说还用以阐释五脏发病与季节的关系。