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手术室需要一定的管理制度。在同一日内，一个手术室需要作数个手术的，应先作无菌手术，后作感染手术。每次手术完毕后和每日工作结束时，都应彻底洗刷地面，清除污染、敷料和杂物等。每周应彻底大扫除1次。手术室内应定期进行空气消毒。通常采用乳酸消毒法。在一般清洁工作后，打开窗户通风一小时，按100cm3空间，用80%乳酸12ml倒入锅内（或再加等量的水），置于三角架上，架下点一酒精灯，待蒸发完后将火熄灭，紧闭门窗30分钟后再打开通风。在绿脓杆菌感染手术后，则先用乳酸进行空气消毒，1～2小时后进行扫除，用1：1000新洁尔灭溶液揩洗室内物品后，开窗通风1小时。在破伤风、气性坏疽手术后，可用40%甲醛溶液消毒手术室。按每m3空间用甲醛溶液2ml和高锰酸钾1g计算，将甲醛溶液倒入高锰酸钾内，即能产生蒸气，12小时后打开窗户通风。在HBsAg阳性，尤其是HbeAg阳性的病人手术后，地面和手术台等可撒布0.1%次氯酸钠水溶液，30分钟后清扫和清拭。也有采用紫外线消毒手术室空气的方法。通常以每lm2地面面积使用紫外线电功率1～2w计算，照射2小时，照射距离不超过2m.

凡进入手术室的人员，必须换上手术室的清洁鞋帽、衣裤和口罩。参加手术人员的数目不宜超过2人。患有急性感染和上呼吸道感染者，不得进入手术室。