痰结核菌检查：是确诊肺结核、发现传染源、观察疗效、决定是否治愈和流行病学调查统计的主要依据和指标。其特异度可高达99%，远较胸片准确。认真多次检查对活动肺结核的痰菌检出率可达50%以上，有的可达65%——75%.因此，现代对肺结核的诊断把痰菌检查放在第一位。现一般用涂片法抗酸染色，也有用涂片萤光染色检查的，速度快，适于大量检查时。但要配萤光光源。要确定阳性与否至少初诊查痰次数为2次，最好3次。必要时应更多。治疗中强化期结束与全疗程结束前2个月均应检查。为确保查痰率可先作即时痰再留夜痰、晨痰。可将三个标本一次送检。无痰时可用高渗盐水雾化吸入引痰，可提高痰菌检出率；培养法查痰菌，经纤支镜取灌洗液查菌也都能进一步提高检出率。儿童大多不会咳嗽留痰而常吞咽入胃，故可抽清晨胃液或呕吐物查菌。

培养法如得阳性结果可做药敏试验并作菌型鉴定。但传统的L-J培养基为慢培医学|教育网搜索整理，需4-8周才能报告结果。近代Bactec法快速培养可使时间缩短至5-7天报告结果，也可作药敏试验。其原理是细菌利有培养基里含放射性同位素14C棕榈酸脂代谢后产生含14C的CO2，经检测达一定指数即证明结核菌生长。

PCR法查痰是近代分子生物学方法，可检测痰标本中少许结检菌的特异性DNA.40条结核菌即可阳性，有的仅几条结核菌即可阳性。方法灵敏，较培养法阳性率高；特异性亦高；检测快速；需两天即报结果甚至几个小时即出结果；还可作菌型鉴定；对异菸肼和利福平等已可用PCR方法作耐药检测，并已有人利用PCR法检测DNA指纹追踪传染源。PCR法查痰菌不足之处是还有少量假阳性与假阴性；严格操作和方法的改进可能进一步减少或避免之。