荚膜、鞭毛、菌毛、芽胞是细菌的特殊结构。

它们在医学上有重要实际意义。

荚膜能保护细菌抵抗吞噬细胞的吞噬和消化，保护细菌免受各种体液因子的损伤，井使细菌对干燥有一定的抵抗力，因而与细菌的毒力有关。

鞭毛是细菌的运动器官，有无鞭毛可作为鉴别细菌的指标之一。

有些细菌的鞭毛与其致病性有关。

菌毛分为普通菌毛和性菌毛两种。

普通菌毛对宿主细胞具有粘附作用，与细菌的致病性有关。性菌毛通过接合，在细菌之间传递质粒或染色体DNA，和细菌的遗传性变异有关。芽胞是细菌的休眠状态，因而对热、干燥、化学消毒剂和辐射有很强的抵抗力，能保护细菌免受不良环境的影响。医学|教育网

芽胞的形状、大小和位置可作为鉴别细菌的依据之一。杀灭芽胞是灭菌是否彻底的指标。