蓝细菌（Cyanobacteria）原名蓝藻或蓝绿藻，是一类进化历史悠久、革兰氏染色阴性、无鞭毛、含叶绿素a（但不形成叶绿体）、能进行产氧性光合作用的大型原核微生物。蓝细菌是古老的生物，在50亿年前，地球本是无氧的环境，使地球由无氧环境转化为有氧环境是由于蓝细菌出现并产氧所致。蓝细菌是海洋生态系统的重要组成部分和海洋初级生产力的重要组成部分。蓝细菌在植物学和藻类学中被分类为蓝藻门。由于它的细胞结构简单，只具有原始核，没有核膜和核仁，只有染色质，只具有叶绿素，没有叶绿体。故将它列为原核生物界的蓝光合菌门，这一门的细菌叫蓝细菌。

蓝细菌分布极广，普遍生长在淡水、海水和土壤中，并且在极端环境（如温泉、盐湖、贫瘠的土壤、岩石表面或风化壳中以及植物树干等）中也能生长，故有“先锋生物”的美称。许多蓝细菌类群具有固氮能力，它们已经被证实：可以通过氮气的固定来提高稻田和其他土壤的肥力方面有重要作用。一些蓝细菌还能与真菌、苔蕨类、苏铁科植物、珊瑚甚至一些无脊椎动物共生医学|教育网搜集整理。

蓝细菌在污水处理，水体自净中起积极作用。在氮、磷丰富的水体中生长旺盛，可作为水体富营养化的指示生物。有某些属种在富营养化的海湾和湖泊中引起海湾的赤潮和湖泊的水华。严重者引起水生动物大量死亡。